Игумены19–45. Игумены, годы руководства: 1627–1864
19. Архимандрит Иов (1627–1634). Был прежде игуменом в Никитском Переяславском монастыре (Владимирской епархии).
20. Архимандрит Порфирий (1634–1639). По указу царя и великого князя Михаила Феодоровича переведен в 1634 году, из архимандритов Рождественского Владимирского монастыря, а в 1639 году по указу того же царя вызван в Москву.
21. Архимандрит Рафаил (1639–1643). По указу царя, из архимандритов Нижегородского Печерского монастыря, переведен в 1639 году, а в 1643 году вызван в Москву. При нем в монастыре было: служащей братии (с приписными монастырями) 14 человек, рядовой братии — 55, служек монастырских — 55.
22. Архимандрит Макарий (1643–1650). В 1641 году поставлен архимандритом Снетогорского монастыря, а 4 ноября 1649 года Патриархом Иоасафом II возведен в сан архиепископа Псковского и Изборского.
23. Архимандрит Митрофан (1650–1656). Прежде игумен Спасо-Мирожского монастыря.
24. Архимандрит Зосима (1656–1663).
25. Архимандрит Герасим (1663–1669).
26. Архимандрит Паисий (1669–1682). В 1675 году ездил в Москву «к Царскому Величеству, на праздник собора Пресвятой Богородицы, с праздничной Успенской Святыней».
27. Архимандрит Иоасаф II (1682–1686). При нем, в 1683 году, в Москве был строен приезжий двор Печерского монастыря, а в 1682 году, после пожара во Пскове, и здесь вновь построен приезжий двор монастырский. В 1683 году ему от Великого Государя подарен кубок.
28. Архимандрит Паисий II (1686–1699). Из архимандритов Крестного монастыря Архангельской епархии, с 1686 года, а в 1699 году, 30 мая, скончался схимником и погребен в Богом зданных пещерах.
29. Архимандрит Корнилий II (1699–1706). Прежде архимандрит Спасо-Мирожского монастыря. 27 Сентября 1710 года скончался и вместе с сыном Григорием погребен в Богом зданных пещерах.
30. Архимандрит Аарон (1706–1711). Упоминается в грамотах и приходо-расходных книгах 1706 и 1708 гг.
31. Архимандрит Феодосий (1711–1724).
32. Архимандрит Маркелл (1724–1726).
33. Архимандрит Филарет (1726–1729). Скончался в 1729 году.
34. Архимандрит Вениамин (Сахновский, 1730–1731). Родом из Молдавии, переведен из Снетогорских архимандритов в Печерский монастырь. В 1731 году хиротонисан во епископа Коломенского и Каширского.
35. Архимандрит Кирилл (Иерусалимита, 1731–1732). В 1732 году переведен в Московский Донской монастырь.
36. Архимандрит Игнатий (Расновский, 1732–1745). Поступил в Печерский монастырь по именному указу императрицы Анны Иоанновны от 11 июня 1732 года. Скончался в 1745 году. При нем Государыней были пожалованы монастырю ризы, жемчугом украшенные, и двухместная придворная коляска.
37. Архимандрит Геннадий (Андреевский, 1746–1753). Член Псковской Духовной консистории, ректор Словено-латинских школ во Пскове, переведенный в 1746 году из игуменов Великопустынского монастыря. В 1753 году хиротонисан во епископа Костромского.
38. Архимандрит Иосиф (1753–1785). Из архимандритов Снетогорского монастыря, член Псковской Духовной Консистории и ректор семинарии с 1753 года по февраль 1785 года. Скончался и погребен в монастыре. По его ходатайству указом Консистории, от 11 сентября 1758 года, позволено соборную Успенскую церковь обновить, а поверх оной, в имеющейся палате (по преданию судебной), устроить церковь во имя Покрова Пресвятой Богородицы; в следующем году она уже и была освящена. При нем в 1774 году был в монастыре пожар; погорели наместнические и братские кельи. В 1775 году кельи были построены вновь, а с ними сооружена, вместо прежней, новая церковь во имя Димитрия, митрополита Ростовского, теперь не существующая.
39. Архимандрит Варлаам (Головин, 1785–1792). Член Псковской Консистории и ректор Псковской семинарии, переведенный в 1785 году из Снетогорского монастыря. В 1792 году, 13 апреля переведен в Московский Воскресенский монастырь. Скончался в Новоспасском монастыре.
40. Архимандрит Петр (Можайский, 1792–1800). Член Псковской Духовной Консистории и ректор семинарии, из архимандритов Смоленского Авраамиева училищного монастыря. В 1800 году переведен в Смоленский Бизюков монастырь и там скончался.
41. Архимандрит Венедикт (Постников, 1800–1835). Из архимандритов Спасо-Мирожского монастыря, член Псковской Духовной Консистории. Незабвенную память о себе оставил он в монастыре построением Михаило-Архангельского собора и украшением многих икон серебряно-позолоченными ризами. Обширная переписка его, по построению храма, с графом Витгенштейном и Псковским губернатором князем Шаховским хранится в особой книге монастырской библиотеки. Скончался в 1835 году и похоронен в Богом зданных пещерах.
42. Архимандрит Антоний II (Благовещенский, 1835 – 12 декабря 1844). В Псково-Печерский монастырь переведен из Грузии, где был настоятелем Давидо-Гареджийской пустыни и членом Синодальной конторы. По десятилетнем управлении Печерским монастырем, скончался 12 декабря 1844 года.
43. Архимандрит Антоний III (Шокотов, 1845–1850). Родом из Харьковской губернии, воспитанник Харьковского коллегиума и Киевской Академии, с 1823 года профессор Полтавской cеминарии, с 1825 года бакалавр Киевской Духовной Академии; 12 февраля 1830 года священник Киево-Подольской Царе-Константиновской церкви, 7 апреля 1834 года, по смерти жены, монах и инспектор Киевской Академии; с июня 1836 года архимандрит; в том же месяце ректор Полтавской семинарии; с 23 июня 1843 года ректор Псковской семинарии и настоятель сперва Спасо-Елеазаровского, а потом Псково-Печерского монастыря. С 1850 года епископ, сперва викарий Волгский, Саратовской епархии, а потом епископ Оренбургский и Уфимский, наконец архиепископ Кишиневский. Скончался в 1871 году.
44. Архимандрит Никон II (Щеглов, 1850–1856). Родом из Тульской епархии, воспитанник тамошней семинарии и Московской Академии; проходил должности: инспектора в Пермской семинарии, ректора Тульской, Калужской и Псковской семинарий, а в 1850 году и настоятеля первоклассного Псково-Печерского монастыря и члена Духовной Консистории. В 1856 году перемещен ректором Астраханской семинарии и скончался на покое в Киевской Лавре, погребен на кладбище Лаврского Преображенского скита.
45. Архимандрит Аполлос (Беляев, 1856–1864). Сын священника Владимирской губернии. Учился сперва во Владимирской семинарии, а потом в Киевской Академии; проходил должность наставника в Орловской, Тверской и Владимирской семинариях. В 1847 году определен инспектором, а с 1854 года ректором Астраханской семинарии. В 1856 году перемещен на ту же должность в Псковскую семинарию, с поручением ему в управление Псково-Печерского первоклассного монастыря. В 1864 году возведен в сан епископа Саратовского, викария Новгородской епархии, потом Санкт-Петербургской епархии. Скончался в сане архиепископа Вятского в 1885 году.